藤原惺窝 (公元１５６１—１６１９ 年) 建立了江户时代的儒学．他曾经向德川家康等武将讲解过《论语》, 他作为林罗山和松永尺五的老师而成为文运的中心．具有重要意义的是他脱离佛门, 明确地打出了儒家的旗号．林罗山和山崎闇斋也明确地打出了儒家的旗号．原来被僧侣们放在折衷的立场上学习的儒学, 现在独立了, 人们认识了与佛教不同的儒学本身的价值．

　　在藤原惺窝的推荐下出仕德川家康的林罗山, 成功地在幕府内外传播了朱子学．从此以后, 幕府教学的中心就是林罗山的朱子学．孔子就像在中国一样, 在日本也被人们当作圣人尊敬了．

　　祭奠孔子的释奠后来因战乱而中断了, 但当时在林罗山的住内建造了一座大成殿, 并安放了孔子的圣像, 在春季和秋季分别祭奠一次．将军吉纲非常喜爱学问, 在元禄四年 (公元１６９１ 年) 把东京神田的一部分命名为昌平坂, 在这里设置｀学问所＇, 并新建了一座大成殿, 第二年他出席了释奠仪式, 同时亲自讲解了《论语·学而》第一章．后来亮政十年 (公元１７９８ 年) 在汤岛重建圣堂, 使之更加壮观了．现在仍然保存着的汤岛圣堂就是亮政十年建造的．走在汤岛大成殿的大院内, 看到金黄色的屋顶, 就能想像德川时代３００年文运的隆盛．

　　现在不仅在东京保存着过去的圣堂, 冈山其闲谷黉和山形县致道馆的旧址也被妥善地保存着．随着官学的普及, 在各地建立了儒学学舍, 学舍中心安放孔子像和木主, 并举行祭祀之礼．

　　据说, ｀在仙台, 讲解之初, 儒者以若年寄为主, 在铺着席子的房间的壁龛里有圣像, 主君释后就座, 然后讲师拜, 与主君相隔一尺, 面对而坐, 开始讲解．＇ (《甲子夜活》卷１９) 在江户时代中期以后, 尊崇孔子, 作为正式礼仪, 在全国盛行．