山崎闇斋 (公元１６１８—１６８２ 年) 也是朱子学学者, 但他与林罗山的官学派不同．他信奉朱子甚笃, 甚至认为学朱子学错了也不后悔．但是, 晚年他从儒学转为神道, 创建了｀重加神道＇．他站在日本主义的立场上说: ｀我虽信奉孔孟, 但是, 若孔孟率兵来攻日本, 我将以孔孟为敌, 将孔孟俘虏．＇(《先哲丛谈》) 在论述儒学与神道的关系方面, 受山崎闇斋学派影响的水户学认为, ｀奉神州之道, 取西士之教, 敬神崇儒, 不偏党＇ (《弘道馆记》) , 站在既尊神道又尊儒教的应场上．

　　摆脱朱子学派并具有自己的特色的学派是古学派．它反对朱子学的严酷、无情、静态的非人性, 要回到周公、孔子的古代, 并以此命名为古学派．山鹿素行 (公元１６２２—１６８５ 年) 说, ｀我以周公、孔子为师, 而不以汉、唐、宋、明诸儒为师＇ (《圣教要录》) , 这是古学派的宣言．

　　伊藤仁斋

　　古学派的代表是伊藤仁斋 (公元１６２７—１７０５ 年) 和荻生徂徕 (公元 １６６６—１７２８ 年) ．但是他们二人的孔子观也是不同的．

　　对于伊藤仁斋来说, 孔子是绝对的圣人, 他推崇《论语》是｀至高无上宇宙第一书＇．他在《论语古义》中说, ｀《论语》一书, 万世道学之规矩准则, 其言至正至当, 彻上彻下, 增一字则多余, 减一字则不足, 道至此而尽, 学至此而极……孟子曾引用宰我、子贡、有若三人的话语, (孔子) 远胜于尧舜．＇又说, ｀有生民以来, 从来没有人像孔子这样受崇敬．看来, 诸子直接聆教于夫子, 知夫子确实比任何圣人卓越, 留言于后世．我决心以《论语》为至高无上宇宙第一书, 原因就在这里．＇从这热情的话语中就能充分了解到伊藤仁斋如何尊重孔子．孔子是众圣人中特别突出的特殊圣人．《论语古义》离开后世的注释, 直接就《论语》探讨孔子的真髓．作为辅助研究对象, 伊藤仁斋重视对于《孟子》的研究, 因此, 他作有《孟子古义》．

　　何藤仁斋认为, 《论语》主要是平易说教, 《孟子》主要说由孔子之教而来的道, 并与教是统一的．伊藤仁斋所发现的孔子的精神是仁, 仁就是出自真正给人以利泽的普遍的人类爱．

　　明治末期以后, 人们才不把孔子当作圣人, 而作为客观的、学术的研究对象．