早在巴斯德研究微生物之前很久, 就有人认为传染病可能是微生物引起的．１８３５ 年, 意大利的阿戈斯蒂诺·帕西就宣布, 蚕的某种疾病是微生物引起的．１８４０ 年, 德国的亚克普·享利 (１８０９～１８８５ 年) 详细阐述了传染病是微生物的引起和传播学說．

　　同蚕的病患一样, 家畜的炭疽病給工业带來重大损失．１８６３ 年, 法国的坎米尔·达维努 (１８１２～１８８２ 年) 在患有炭疽病的家畜血液中, 发现了微小的棒状物体．他根据试验结果, 坚决主张這种物体是微生物, 是引起炭疽病的原因．

　　在前辈的這些研究的基础上, 德国的罗伯特·柯赫 (１８４３～１９１０ 年) 勿庸置疑地证明, 特定的微生物会引起特定的传染病．他和巴斯德一起, 奠定了细菌学的基础．１８７２ 年, 他也从患有炭疽病的家畜身上发现了微小的棒状物体, 并对這种物体的真面目作了探索．他发现, 給老鼠注射這种物体, 老鼠就得了炭疽病．实验变得非常简单．

　　接着, 他从牛的眼睛中抽出的水样液和血清培养炭疽病菌, 他观察到, 棒状物伸长变成丝状, 不久便生成了孢子, 此后又形成了原來的棒状物．他把孢子注入老鼠体内, 老鼠就患了炭疽病而死亡．他在老鼠的血清中发现了許多棒状物．他就這样於１８７６ 年搞清了炭疽病的病原体．

　　柯赫还发明了用染料涂染细菌, 使之易於观察的方法和在胶状透明温床里培养纯细菌的方法．用這些方法, 从１９ 世纪末到２０ 十世纪初陆续发现了很多病原体．柯赫本人也发现了连锁球菌 (１８８１ 年) 、结核菌 (１８８２ 年) 和霍乱菌 (１８８４ 年) ．

　　但是, 关於霍乱, 慕尼黑医科大学首任卫生学教授麦克斯·彼登可法 (１８１８～１９０１ 年) 研究了传染的途径, 并於１８５４ 年提出了一种学說, 說霍乱是一种特殊的病原菌在腐败的有机物污染的土壤中产生的毒素引起的．柯赫一发现霍乱菌, 彼登可法就承认那是他所說的特殊的病原菌．但是, 他又根据自己的学說, 主张不介於土壤的霍乱菌, 是不会引起霍乱的．

　　１８９２ 年, 当时已７４ 岁高龄的彼登可法为了证明自己的主张正确, 而当着学生的面喝了培养出來的纯霍乱菌．过了好几天也没有发病, 因此, 看上去他似乎战胜了柯赫, 但是, 后來他的学生恩梅希利希也作了同样的实验, 而他却得了霍乱, 彼登可法的学說因此而破产了．