看上去, 雷第对生蛆的实验性研究似乎彻底否定了生物的自然发生說．但是, 就在同一个时候, 用显微镜发现了各种微生物后, 关於這种更低级的生物, 自然发生的問题又死灰复燃了．

　　英国牧师約翰·尼达姆 (１７１３～１７８１ 年) 於１７４５ 年报告, 他把羊肉汤倒入烧瓶, 为了不让空气中的微生物进入而塞严瓶口．然后加热, 几天后, 烧瓶中充滿了微生物, 从而主张微生物是自然发生的．

　　与此相反, 拉让罗·斯巴兰让尼 (１７２９～１７９９ 年) 认为, 在尼达姆的实验中, 可能是从活塞的缝隙中进去了微生物, 也可能是加热温度不够, 没能把肉汤中的微生物全部杀死．於是, 他亲自用兩个容器作了实验, 把一个容器的颈加热溶化后密封, 煮沸三四个小时, 另一个容器用活塞封口, 煮沸一兩分钟, 加以对比．结果是, 前者没有产生微生物, 而后者却产生了微生物 (１７６５ 年) ．尼达姆听了這个报告后, 反驳說, 由於长时间煮沸, 空气变质, 自然发生就不可能了, 就這样, 問题没有得到解决, 搁置了近１００ 年．

　　直到１９ 世纪, 法国的路易·巴斯德 (１８２２～１８９５ 年) 才最后解决了這个問题．从１８５７ 年起, 着手研究发酵問题．他发现, 酒精、乳酸和醋酸等的发酵, 都是酵母和细菌等微生物的活动引起的．他以這些知识和体验为基础, 以最后作结论的姿态, 投入了关於微生物自然发生的论战．

　　問题在於要进一步反驳尼达姆的对前面谈到的斯巴兰让尼的实验的反驳, 为此, 巴斯德千方百计要搞一次巧妙的实验．

　　他把玻璃容器颈拉细拉长, 弯曲成各种形状, 里面注入植物汤, 经多次煮沸、杀菌后, 放在一边, 容器口是开着的, 和外界空气相通, 但过了几个月, 汤也未腐败．

　　這是因为, 在空气中浮游的微生物, 都沾在了容器颈的弯曲部位, 进不到里面去．为了证明這一点, 他把整个颈部打掉, 於是, 微生物进入容器, 汤在几个小时内, 就很快腐败了．他还发现, 通过棉花吸收空气, 棉花上就附上很多微生物, 一把棉花放进汤里, 汤就立刻腐败．而棉花加热后放进去, 就不会腐败．

　　１８６０ 年到１８６１ 年进行的這些试验, 給了自然发生說以沉重的打击, 但并没有根除這种学說．争论一直进行到１８７０ 年．直到弄清要杀死处於孢子状态的微生物需要１００ 度以上的温度时, 這场辩论才最后结束．