另一方面, 巴斯德把探索病原菌的工作交給了柯赫, 而他自己却拼命研究动物对病原菌的抵抗能力．他的這种研究导致免疫学的建立, 为我們带來了无可估量的好处．

　　１８８０ 年, 巴斯德着手研究鸡的可怕的传染病－－鸡霍乱．他用鸡的血液培养了這种病的病原菌．把浸过這种病原菌的面包扔給鸡吃, 鸡就得了鸡霍乱, 很快就死去了．但是, 把几周前培养出來的细菌給鸡吃, 鸡却没有死．再把新分离出來的剧毒细菌給那只鸡吃, 鸡还是没有得病．他就這样发现了毒性变小的细菌 (菌苗) 使鸡有了免疫力, 不会再得同样的疾病．

　　他接着研究羊的炭疽病, 培养了菌苗．但是, 很多医生和兽医都对他的理论持否定态度, 反对使用菌苗．最后, 终於在１８８１ 由默伦农业会主持, 举行了公开实验, 以便确定兩者中谁的說法正确．实验场所选在默伦附近的一个牧场．５ 月５ 日, 实验的准备工作完全就绪, 很多农业家、化学家、医生和兽医都赶來作证．其中大部分人都相信、盼望以至公开扬言巴斯德的实验將失败．

　　５０ 头羊分成兩群．巴斯德和他的学生給２５ 头羊注射了炭疽病的菌苗．兩周后的 ５ 月 １７ 日第二次注射了菌苗．又过了兩周, ５ 月３１ 日巴斯德和他的助手們把５０ 头羊全部逮住, 注射了新鲜的、剧毒的炭疽病菌．巴斯德预言, 没有接种菌苗的２５ 头羊在６ 月２ 日以前將全部死掉, 而接种过菌苗的２５ 头羊一头也不会死．

　　６ 月２ 日, 除见证人外, 还有很多看热闹的人、新闻记者赶來．展现在他們面前的情景, 和巴斯德所预言的完全一样．地上躺着２２ 头羊的尸体, 旁边有兩头在垂死挣扎, 不到一个小时也死掉了．唯一剩下的一头羊, 也於当天死掉．而接种菌苗的２５ 头羊, 却安然无事, 自由自在地吃着草．

　　這种戏剧性的公开实验, 勿庸置疑地证明了菌亩具有卓越的效力, 证明了巴斯德的免疫理论的正确性．实验后的兩年内, 近十万头家畜接受了菌苗, 其中因炭疽病而死亡的只有６５０ 头．而在此以前, 每十万头家畜中, 每年都有大約９０００ 头死於這种病．

　　免疫理论立刻被应用到预防人的传染病上來, 不知有多少人因此而免於死亡．